Les premières traces de Chomelix remontes vers 927, deux rivières traverses la commune, l'Arzon et la Chamalière.
On y découvrir des vestiges de l'époque mégalithique (menhir du Monteil), celte (Fontaine de Manigraule) et  gallo-romaine (milliaires des voies Bolène et du Chemin de César, ...) attestent d'une vie depuis la plus haute antiquité.

Chomelix a longtemps été un point de passage des pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle en direction du Puy-en-Velay venant de l'est, pour rejoindre la via Podiensis. En attestent deux coquilles Saint-Jacques qui ornent les murs de l'église ainsi que les registres de l'hôpital.

Le Moyen-âge donne quatre importants châteaux qui furent construits aux XIe et XIIe siècles : Chomelix le Haut, aujourd'hui détruit, Chomelix le Bas avec les restes ruinés, vestiges d'une tour, Sereys, plusieurs fois détruit et remanié et enfin le chÂteau d'Arzon dont les importantes ruines dominent le ruisseau l'Arzon.

Hstoriquement, Chomelix le Haut et Chomelix le Bas furent des villages fortifiés, indépendants, parfois ennemis. En atteste les guerres désastreuses que se sont livrés à plusieurs reprises les seigneurs de Chomelix le Haut et Bas.

Le prieuré de Chomelix fut longtemps dépendant de l'abbaye de la Chaise-Dieu. Jusqu'en 1374, deux moines y résident puis, ne pouvant plus assurer leurs fonctions faute de moyens (forte mortalité, guerres), ils regagnent la maison mère. En 1643, le prieuré est de nouveau rattaché à La Chaise-Dieu.

Chomelix est occupée, depuis le néolitique, par d'importantes voies de communications. A l'époque gallo-romaine, le village est par la voie Agrippa, reliant Lyon à Bordeaux. Cette voie porte parfois le nom de "voie Bolène", à d'autre moments celui de "Chemin de César". On peut encore marcher sur le tracé entre Craponne/Arzon et Chomelix. (cf photo ci-contre)

Chomelix a longtemps été aussi un point de passage des pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle en direction du Puy-en-Velay (en partie la voie Bilène) venant du nord-est, rejoingnant la via Podiensis. En attestent deux coquilles Saint-Jacques qui ornent les murs de l'église. Ce chemin est toujours emprunté de nos jours.

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